KUA bermula dari lembaga kepenghuluan masa kolonial, yang kemudian diperkuat saat pendudukan Jepang melalui Shumubu (1943). Pasca kemerdekaan, KUA diresmikan di bawah Kementerian Agama pada 3 Januari 1946 (Maklumat No. 2) untuk mencatat nikah, talak, dan rujuk. Kini, KUA berkembang dari sekadar pencatat nikah menjadi pusat pelayanan keagamaan dan pembinaan umat.
Masa Jepang (1943): Jepang mendirikan Shumubu di Jakarta, dengan KH. Hasyim Asy'ari sebagai kepala untuk wilayah Jawa dan Madura, yang kemudian dilanjutkan oleh K. Wahid Hasyim.
Awal Kemerdekaan (1946): Menteri Agama pertama, H.M. Rasjidi, mengeluarkan maklumat pada 3 Januari 1946 (29 Muharram 1365 H) yang mendirikan Kementerian Agama, menandai berdirinya lembaga pencatatan pernikahan resmi di bawah negara. Pengumuman berdirinya Kementerian Agama disiarkan oleh pemerintah melalui siaran Radio Republik Indonesia. Haji Mohammad Rasjidi diangkat oleh Presiden Soekarno sebagai Menteri Agama RI Pertama. H.M. Rasjidi adalah seorang ulama berlatar belakang pendidikan Islam modern dan di kemudian hari dikenal sebagai pemimpin Islam terkemuka dan tokoh Muhammadiyah.
Kementerian Agama mengambil alih tugas-tugas keagamaan yang semula berada pada beberapa kementerian, yaitu Kementerian Dalam Negeri yang berkenaan dengan masalah perkawinan, peradilan agama, kemasjidan dan urusan haji; Kementerian Kehakiman yang berkenaan dengan tugas dan wewenang Mahkamah Islam Tinggi; dan Kementerian Pengajaran, Pendidikan dan Kebudayaan yang berkenaan dengan masalah pengajaran agama di sekolah-sekolah.
Sehari setelah pembentukan Kementerian Agama, Menteri Agama H.M. Rasjidi dalam pidato yang disiarkan oleh RRI Yogyakarta menegaskan bahwa berdirinya Kementerian Agama adalah untuk memelihara dan menjamin kepentingan agama serta pemeluk-pemeluknya.
Kutipan transkripsi pidato Menteri Agama H.M. Rasjidi yang mempunyai nilai sejarah, tersebut diucapkan pada Jumat malam, 4 Januari 1946. Pidato pertama Menteri Agama tersebut dimuat oleh Harian Kedaulatan Rakyat di Yogyakarta tanggal 5 Januari 1946.
Landasan Hukum: Pembentukan KUA didasarkan pada UU No. 22 Tahun 1946 tentang Pencatatan Nikah, Talak, dan Rujuk, serta UU No. 1 Tahun 1974 tentang Perkawinan.
Perkembangan Fungsi: Awalnya fokus pada pencatatan nikah, kini fungsi KUA mencakup 9 hal, termasuk bimbingan keluarga sakinah, zakat, wakaf, penyuluhan, hisab rukyat, dan pelayanan keagamaan lainnya.
Revitalisasi (Era Modern): Saat ini, KUA mengalami revitalisasi, memanfaatkan teknologi digital seperti aplikasi Simkah (Sistem Informasi Manajemen Nikah) dan meningkatkan sarana fisik untuk menjadi pusat pelayanan publik yang humanis dan modern dalam layanan pernikahan.